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Text File  |  1995-03-04  |  1.6 KB  |  34 lines
  1. **********************************************************
  2. * Bacterial type II secretion system protein F signature *
  3. **********************************************************
  4.  
  5. A number  of  bacterial  proteins,  some  of  which  are involved in a general
  6. secretion pathway  (GSP) for the export  of  proteins (also called the type II
  7. pathway) [1], have  been  found to be evolutionary related. These proteins are
  8. listed below.
  9.  
  10.  - The  'F'  protein from the GSP operon of: Aeromonas hydrophila (gene exeF);
  11.    Erwinia chrysanthemi  and  carotovora  (gene  outF);  Klebsiella pneumoniae
  12.    (gene pulF); Pseudomonas aeruginosa (gene xcpS), and Xanthomonas campestris
  13.    (gene xpsF).
  14.  - Bacillus subtilis comG operon protein 2 which is required for the uptake of
  15.    DNA by competent Bacillus subtilis cells.
  16.  - Pseudomonas protein pilC, which is essential for the formation of the pili.
  17.  - Escherichia coli protein hopC.
  18.  
  19. These are  proteins  of  about 400 amino acids that are highly hydrophobic and
  20. which are thought to be integral protein of the inner membrane. As a signature
  21. pattern we selected a conserved region in the central part of these proteins.
  22.  
  23. -Consensus pattern: [KRQ]-[LIVM]-x(2)-[AV]-[LIVM]-x-Y-P-x(2)-[LIVM]-x(3)-
  24.                     [SAGV]-x(6)-L-x(3)-[LIVM](2)-P
  25. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL,  except
  26.  for hopC whose current sequence seems to be incorrect.
  27. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  28. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  29.  
  30. [ 1] Salmond G.P.C., Reeves P.J.
  31.      Trends Biochem. Sci. 18:7-12(1993).
  32. [ 2] Hobbs M., Mattick J.S.
  33.      Mol. Microbiol. 10:233-243(1993).
  34.